近年來受到疫情肆虐、美中貿易戰、中國經濟趨緩、台灣產業升級等重大事件衝擊，台灣經濟面臨到前所未有的挑戰。為提升經濟學界有關經濟理論、實證分析、制度設計、政策評估等相關領域的研究能量，並為因應時代的挑戰，應有一個研究中心作為整合性平台，從事各項公共經濟議題的研究。藉由成立台大社會科學院公共經濟研究中心，希望能結合國內外知名學者，以經濟政策研究為基礎，並進一步成為與國際經濟研究互動的平台。
公共經濟研究中心成立於2006年，原為隸屬於經濟系之系級研究中心，並於2012年評鑑後升格為社科院底下之院級研究中心。多年來致力於舉辦重大公共議題之政策論壇，範圍涵蓋能源產業、貨幣、勞保、年金政策等研討會，乃至近年的反媒體壟斷、服貿協議、一例一休、稅制改革、五倍券、CPTPP（跨太平洋夥伴全面進步協定）等議題，皆攸關國計民生甚鉅。從學術研究出發，進行嚴謹的理論與實證分析，持續向社會發聲並向政府提出政策建言。
中心任務為：
1. 以理論探討與實證研究為基礎，建立國內公共政策交流平台。
2. 開展國際學術交流，並建立長期合作。
3. 整合運用本校跨領域相關研究人力與資源。
4. 提供循證公共政策評估(evidence-based policy evaluation)予政府參考。
邀請國內外學者來中心駐點研究，是公共經濟研究中心的重點規劃之一。中心內設有五間學者研究室供來訪學者使用，過去每年都接待了數十位國內外學者前來進行中長期的訪問。另外，中心設有一小型會議室，至多可容納30人，並設有投影機和銀幕等會議配備，供中心研究員以及社科院內各單位借用。